Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HIF3AQ9Y2N7 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
HIF3AQ9Y2N7 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms