Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms