Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCAL1Q9NZC9 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms