Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP40Q9NVE5 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.8 ms