Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQ90

KLHDC3, Kelch domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHDC3Q9BQ90 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHDC3Q9BQ90 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHDC3Q9BQ90 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.9 ms