Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC42Q96M95 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms