Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

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Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLIP4Q8N3C7 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLIP4Q8N3C7 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP4Q8N3C7 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
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CLIP4Q8N3C7 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
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CLIP4Q8N3C7 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP4Q8N3C7 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
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