Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD9Q3L8U1 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
CHD9Q3L8U1 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
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