Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC19.27■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms