Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSH2P43246 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSH2P43246 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSH2P43246 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSH2P43246 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSH2P43246 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSH2P43246 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSH2P43246 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSH2P43246 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSH2P43246 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSH2P43246 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
MSH2P43246 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSH2P43246 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSH2P43246 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
MSH2P43246 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH2P43246 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH2P43246 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH2P43246 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH2P43246 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH2P43246 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH2P43246 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH2P43246 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH2P43246 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH2P43246 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH2P43246 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH2P43246 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH2P43246 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH2P43246 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH2P43246 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH2P43246 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH2P43246 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH2P43246 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH2P43246 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH2P43246 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH2P43246 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH2P43246 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH2P43246 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH2P43246 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH2P43246 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH2P43246 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH2P43246 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH2P43246 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms