Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
COL4A1P02462 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL4A1P02462 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms