Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 STEAP2-201ENST00000287908 6873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 PAPPA-201ENST00000328252 10959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 MTCL1-202ENST00000359865 6093 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.1
CCDC3Q9BQI4 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PCDHGA6-202ENST00000610583 5650 ntAPPRIS P1 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-205ENST00000401886 1559 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC015802.6-201ENST00000640006 5654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 FXNP2-201ENST00000411625 547 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CMC1-204ENST00000423894 549 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC092800.1-201ENST00000449492 579 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 IGFLR1-211ENST00000592889 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 KIAA0319-204ENST00000537886 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 MAP3K4-204ENST00000392142 5490 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 MYH7-201ENST00000355349 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ABCC6-208ENST00000622290 4941 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SAPCD2-201ENST00000409687 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PARVB-201ENST00000338758 5429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.1 ms