Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PPM1N-201ENST00000396735 895 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LIF-202ENST00000403987 592 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC018638.5-201ENST00000450885 754 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PPM1N-208ENST00000456399 618 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 HOXB-AS3-206ENST00000474040 741 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC068867.1-201ENST00000559855 150 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RN7SL357P-201ENST00000581065 298 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 HTR4-213ENST00000631296 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ERCC1-208ENST00000589165 1453 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS4-211ENST00000522307 1634 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PTTG1IP-202ENST00000397886 755 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SUMF2-210ENST00000437307 947 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AL355803.1-201ENST00000455524 188 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC108462.1-201ENST00000457467 850 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RN7SL396P-201ENST00000471086 295 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC112487.1-201ENST00000498032 1097 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 BFAR-203ENST00000562442 1414 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AL118516.1-201ENST00000564152 670 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC02081-203ENST00000591384 867 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MLF1-217ENST00000619577 2290 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AGGF1P1-201ENST00000509500 2073 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC010096.1-201ENST00000443897 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CDC45-202ENST00000404724 1693 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ABI2-215ENST00000430418 1676 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FMR1-215ENST00000616382 1648 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MMP7-201ENST00000260227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 OBSCN-AS1-201ENST00000295012 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 S100A3-202ENST00000368713 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AL935212.1-201ENST00000377548 906 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AL390778.2-201ENST00000420883 886 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CSNK1G2P1-201ENST00000442675 955 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC011247.2-201ENST00000457097 233 ntTSL 4 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC034231.1-201ENST00000507251 537 ntTSL 4 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms