Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC036214.1-201ENST00000502766 2126 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SLFNL1-204ENST00000372613 2654 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC087521.1-201ENST00000501541 2045 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC107918.4-201ENST00000641966 3141 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 DDX20-201ENST00000369702 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ADCY7-208ENST00000566433 2535 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FRMD8-202ENST00000355991 3514 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC105206.1-202ENST00000314927 2368 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MKNK1-204ENST00000371946 2719 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TP53I11-201ENST00000308212 3683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CDK5RAP2-202ENST00000360190 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CAMKK2-209ENST00000446440 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 INF2-209ENST00000617571 2956 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 UBTF-205ENST00000526094 2459 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC130686.1-201ENST00000622936 2466 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RBM6-201ENST00000266022 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TTC28-AS1-207ENST00000428584 5859 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 THBS4-201ENST00000350881 3222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CFAP52-202ENST00000396219 1912 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GSN-209ENST00000449733 2702 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ZBTB2-201ENST00000325144 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 OPN5-202ENST00000371211 1801 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NPHP4-201ENST00000378156 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GLI2-203ENST00000361492 6768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TMEM184B-202ENST00000361906 3611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CALCB-203ENST00000533448 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SORCS1-201ENST00000263054 7272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC009133.1-201ENST00000569981 2449 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RBM26-203ENST00000438737 4132 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GLIS2-201ENST00000262366 4469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GLIS2-202ENST00000433375 3705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 HIF3A-202ENST00000244303 2250 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PLK2-201ENST00000274289 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ADCY6-201ENST00000307885 6464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CCDC186-202ENST00000369286 1928 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GRIN1-206ENST00000371559 3577 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL121992.1-201ENST00000428945 2845 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ANO10-205ENST00000414522 2450 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TP73-205ENST00000378285 2117 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 BRD1-205ENST00000457780 4997 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PTBP1-221ENST00000635647 3691 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PIP5K1B-208ENST00000541509 2664 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 USP33-202ENST00000370792 2917 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ARHGEF1-201ENST00000337665 3171 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PIP4K2A-201ENST00000323883 1319 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 OPRL1-201ENST00000336866 3321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms