Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 KRT16P1-203ENST00000581027 1012 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 HKR1-225ENST00000592168 566 ntTSL 4 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 FTX-216ENST00000638985 1367 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ANKDD1A-202ENST00000395720 1518 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC006372.4-201ENST00000624122 1543 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 HBB-201ENST00000335295 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 Metazoa_SRP.4-201ENST00000366232 298 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC097059.1-201ENST00000413103 885 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 GCSHP3-201ENST00000431120 391 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SNHG17-208ENST00000456953 546 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC132803.1-201ENST00000504204 493 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MRPL49-209ENST00000534078 518 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC003982.2-201ENST00000536933 365 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SPINT2-204ENST00000587090 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AP005131.2-201ENST00000589045 487 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC22P-201ENST00000599104 714 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TMIGD2-204ENST00000600349 333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC22P-202ENST00000602065 544 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC01746-201ENST00000621390 449 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC00969-294ENST00000627609 992 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SCAF11-203ENST00000395453 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ZNF174-201ENST00000268655 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 OXA1L-212ENST00000604262 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MAPK13-202ENST00000373759 1036 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 GYPC-203ENST00000409836 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 Metazoa_SRP.9-201ENST00000415635 283 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AL121845.1-201ENST00000447343 464 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 WDYHV1-206ENST00000523356 869 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TMEM126A-203ENST00000528105 656 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 OR5BD1P-201ENST00000532527 817 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC140658.4-201ENST00000561990 352 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC140113.1-201ENST00000603467 169 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DUSP22-213ENST00000605035 1231 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC007250.1-201ENST00000608934 338 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC114296.1-204ENST00000637197 1173 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TEKT4P2-202ENST00000559466 1312 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 IL1F10-202ENST00000393197 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ATF4-202ENST00000396680 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms