Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 GAD1-201ENST00000344257 1029 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AP000356.3-201ENST00000382243 753 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TMEM219-202ENST00000414689 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ORAOV1P1-201ENST00000503108 395 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC132803.1-201ENST00000504204 493 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC105254.1-201ENST00000507782 621 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AP002803.1-201ENST00000528836 498 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 POLD4-206ENST00000530584 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 POLD4-208ENST00000532830 904 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TMEM219-204ENST00000566848 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SKA2-205ENST00000580541 689 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC009264.1-206ENST00000592183 534 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC084781.1-201ENST00000613737 656 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 HLA-DQB1-202ENST00000399079 1501 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC145207.1-201ENST00000415556 691 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ELP5-212ENST00000574255 671 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 EAF1-AS1-208ENST00000608408 770 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MAP2K6-205ENST00000589647 1512 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SLC25A19-205ENST00000442286 1496 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ORMDL3-202ENST00000394169 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SLC4A1-206ENST00000631130 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MRM2-201ENST00000242257 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ANXA8L1-202ENST00000611655 1398 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ZSCAN5A-206ENST00000587492 1542 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CAPZB-201ENST00000264202 858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TNNT2-202ENST00000360372 969 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TNNT2-204ENST00000367317 1050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MYL3-202ENST00000395869 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TMEM216-202ENST00000398979 908 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CRYBB3-202ENST00000404334 601 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC073869.2-201ENST00000417338 1026 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TNNT2-209ENST00000421663 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 HILPDA-202ENST00000435296 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RPL7P35-201ENST00000446943 740 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AIPL1-211ENST00000576776 1190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC007881.3-201ENST00000608897 607 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC025262.2-201ENST00000623975 1056 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SLC6A9-207ENST00000475075 1881 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
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