Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FOLR1-202ENST00000393676 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 C1QA-202ENST00000402322 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 AC083949.1-201ENST00000422013 657 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SMIM23-202ENST00000523047 573 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 AC025154.2-202ENST00000552379 592 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PARD6G-AS1-205ENST00000589574 647 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SLC38A6-201ENST00000267488 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PLAC8L1-201ENST00000311450 638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 AL512430.1-201ENST00000392575 860 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PFDN6-204ENST00000395131 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 IDI2-AS1-201ENST00000420381 672 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 OR8T1P-201ENST00000421347 918 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 HPGD-203ENST00000422112 805 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 ARMCX3-AS1-201ENST00000454228 490 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 C15orf59-AS1-202ENST00000615095 1224 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 HOGA1-203ENST00000370647 1999 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 HIF3A-206ENST00000472815 1709 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 AC006262.1-203ENST00000598170 1634 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 PRICKLE3-204ENST00000453382 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 RAMP3-201ENST00000242249 1323 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 DNASE1L2-204ENST00000567494 1301 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
TRIM28Q13263 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AL118508.1-202ENST00000411595 709 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TPT1P11-201ENST00000458482 498 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PGAP2-212ENST00000464906 1259 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RN7SL81P-201ENST00000493781 261 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TMEM14C-205ENST00000541412 1177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RPL17P45-201ENST00000586289 509 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TMEM205-210ENST00000588560 840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FAAP24-204ENST00000590179 784 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ADGRE3-204ENST00000595472 486 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FAM76A-203ENST00000373949 2273 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 LINC01815-202ENST00000641468 1409 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CD59-201ENST00000351554 1775 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
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