Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 OR4S1-201ENST00000319988 930 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 C11orf49-203ENST00000378618 1166 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SNX3-204ENST00000426155 1072 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 OST4-201ENST00000429985 559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 APCDD1L-AS1-206ENST00000445984 566 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 APCDD1L-AS1-208ENST00000448374 546 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC004889.1-205ENST00000493248 531 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 OR2A1-AS1-210ENST00000496968 531 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC108471.2-201ENST00000533736 1061 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC130456.3-201ENST00000561762 633 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 TMEM98-205ENST00000578289 806 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 CCDC113-206ENST00000616795 891 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 MIR6816-201ENST00000620368 66 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SERPINB6-206ENST00000380546 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 MED7-202ENST00000420343 1382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 EFHC1-227ENST00000637089 2133 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ERCC1-208ENST00000589165 1453 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SGCE-202ENST00000415788 1871 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ZNF226-201ENST00000300823 817 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 HDAC8-204ENST00000373560 819 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 GEMIN8P4-201ENST00000380526 729 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 XG-202ENST00000419513 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 FAM27E5-201ENST00000426869 682 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 RPL3P5-201ENST00000441645 1232 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 RPL9-203ENST00000449470 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 FKBP1B-205ENST00000452109 953 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 RPL18AP8-201ENST00000486071 528 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC010186.1-201ENST00000546259 532 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC013553.1-201ENST00000560906 267 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC124068.2-202ENST00000562356 612 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC124068.2-201ENST00000569473 1109 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC010504.1-201ENST00000591311 585 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ENPP7P8-202ENST00000527856 1345 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ZNF79-202ENST00000543471 2194 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ZNF79-203ENST00000612342 2192 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SLC41A3-204ENST00000383598 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC113367.3-201ENST00000508316 1912 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 KIR2DS4-201ENST00000339924 1608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 CYP4B1-201ENST00000271153 2171 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AC010096.1-201ENST00000443897 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 OR2K2-201ENST00000302681 1078 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 Metazoa_SRP.4-201ENST00000366232 298 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 DIO1-203ENST00000388876 606 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 HNRNPA1P58-201ENST00000403629 610 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 FTCDNL1-203ENST00000420922 772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AL929302.1-201ENST00000426556 871 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AP001057.1-201ENST00000437557 799 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 AL391415.1-201ENST00000439844 400 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 LINC00313-207ENST00000451543 413 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL4A4P53420 RN7SL23P-201ENST00000484055 275 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms