Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CELF1-214ENST00000531165 3650 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SAMD4B-201ENST00000314471 4519 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 USP44-203ENST00000537435 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SMTN-223ENST00000619644 3227 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ZNF596-201ENST00000308811 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MFAP3-201ENST00000322602 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NLRX1-204ENST00000409991 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 HOXC11-202ENST00000546378 3261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ELN-208ENST00000380575 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RAF1-201ENST00000251849 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC105206.1-202ENST00000314927 2368 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LRRFIP1-204ENST00000392000 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RASSF3-204ENST00000542104 3492 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SRD5A3-201ENST00000264228 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LILRB5-203ENST00000449561 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ADAM15-203ENST00000356955 2949 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MAD1L1-204ENST00000406869 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 GDAP1L1-207ENST00000612599 2585 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CDK20-201ENST00000325303 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FAM83A-201ENST00000276699 1858 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PRKAB1-201ENST00000229328 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ZFP64-203ENST00000361387 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 GRIK5-201ENST00000262895 3493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC005252.3-201ENST00000623855 2258 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ELAVL2-201ENST00000223951 3763 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SYNRG-225ENST00000619541 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FAM86B1-203ENST00000448228 2096 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TBC1D3-201ENST00000620215 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TBC1D3C-201ENST00000622206 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SLC19A2-201ENST00000236137 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 BLK-201ENST00000259089 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PPM1M-201ENST00000296487 2429 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LINC01873-201ENST00000428647 1679 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RRP1B-201ENST00000340648 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PAK3-208ENST00000446737 2550 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ZNF34-201ENST00000343459 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ZNF34-202ENST00000429371 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TMUB2-211ENST00000589184 1837 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms