Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 CXorf40A-205ENST00000423540 1208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 FAHD2CP-203ENST00000467292 965 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC022447.6-201ENST00000515522 438 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 FAM86B3P-203ENST00000523992 854 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC003686.1-201ENST00000550956 1034 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 COQ3-201ENST00000254759 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 RBP1-205ENST00000492918 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 DNMT3L-204ENST00000628202 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ACYP2-204ENST00000422521 1115 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL355803.1-201ENST00000455524 188 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SCARNA12-201ENST00000459155 270 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC010632.2-201ENST00000588369 1224 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 RBFOX3-203ENST00000580155 1519 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CRYL1-201ENST00000298248 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AP001267.2-201ENST00000532619 2086 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CDKN2C-202ENST00000371761 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PLAC9-203ENST00000372270 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TRBJ2-6-201ENST00000390418 53 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 IGHV4-39-201ENST00000390619 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL357373.1-201ENST00000394974 322 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TIMM17B-204ENST00000465150 964 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ROPN1B-203ENST00000505382 713 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ZNF879-202ENST00000519896 543 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 NACA-221ENST00000552540 1074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 LINC01500-204ENST00000556815 752 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 BRSK1-203ENST00000585418 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL627230.2-201ENST00000613254 655 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AQP7-213ENST00000624075 1270 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC027559.1-203ENST00000635726 517 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL672207.1-201ENST00000328462 1570 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 NDNF-201ENST00000379692 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 HIST1H1D-201ENST00000244534 666 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PSMB4-201ENST00000290541 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SIX3-AS1-202ENST00000456467 557 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CISD2-202ENST00000503643 808 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 BANF1-205ENST00000527348 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 DUXAP9-201ENST00000547220 665 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms