Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MYLK-201ENST00000346322 5892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SGMS1-203ENST00000429490 3634 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PFKP-203ENST00000381125 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 EGR2-202ENST00000411732 2824 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MAN2C1-216ENST00000563622 2961 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TMBIM6-203ENST00000423828 3254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ZDHHC6-202ENST00000369405 2170 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MST1-202ENST00000449682 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ZNF541-202ENST00000314121 4631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 GPR83-201ENST00000243673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PGAM1P5-202ENST00000552554 2148 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 KANK2-205ENST00000589359 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 KIF3C-202ENST00000405914 3180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 L3MBTL1-206ENST00000427442 3157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 NFKB1-201ENST00000226574 4085 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MKL1-201ENST00000355630 4496 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 UNC5CL-201ENST00000244565 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TMPRSS6-203ENST00000406725 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 DLL4-201ENST00000249749 3372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ZC2HC1A-201ENST00000263849 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PSEN2-202ENST00000366783 2306 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TMPO-202ENST00000266732 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PATL2-208ENST00000560780 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 GIPC3-201ENST00000322315 4335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC040174.1-201ENST00000563003 2571 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 IGHG4-202ENST00000641978 2597 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MOGAT3-201ENST00000223114 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 WASHC2C-201ENST00000336378 4669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 CHMP7-201ENST00000313219 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 WASHC2C-210ENST00000623400 4616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 FBXL18-201ENST00000382368 3498 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 KCNT1-212ENST00000628528 7057 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 APCDD1L-AS1-203ENST00000427140 2092 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 LINC01725-203ENST00000417975 3177 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 VTI1B-204ENST00000554659 5351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 LRRC41-208ENST00000617760 2158 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 CAP1-203ENST00000372797 3105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 MAN2B2-202ENST00000504248 2968 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 STXBP1-201ENST00000373299 3765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 ENG-204ENST00000480266 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 ZC3H18-201ENST00000301011 3729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 DMAC1-201ENST00000358227 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 MPRIP-202ENST00000341712 3846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 AFF3-202ENST00000409236 9849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 SIPA1L3-201ENST00000222345 7987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 AC125611.4-201ENST00000553259 4166 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 PRPF8-205ENST00000572621 7445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 MKNK1-204ENST00000371946 2719 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 C11orf21-201ENST00000381153 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 PLEKHG2-206ENST00000458508 3898 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 NLRP7-207ENST00000590030 3209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 UMODL1-206ENST00000408989 5262 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 KIF17-203ENST00000400463 3731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
IFT88Q13099 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.2 ms