Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 BRMS1-202ENST00000425825 1363 ntTSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 IL27-201ENST00000356897 1044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC073150.1-201ENST00000450406 1084 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC009065.3-201ENST00000562027 627 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AP000894.2-204ENST00000577358 473 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMEM106A-202ENST00000541594 1330 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms