Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL451050.2-201ENST00000606967 682 ntBASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MYH6-202ENST00000405093 5941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 WSCD2-206ENST00000547525 4481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CAMKK2-202ENST00000337174 5304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FAM30A-205ENST00000630242 9612 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PLLP-205ENST00000613167 7578 ntTSL 5 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MAPKBP1-215ENST00000514566 5394 ntTSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 COL20A1-203ENST00000422202 8097 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HSFX2-201ENST00000598963 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NCOR2-204ENST00000405201 8533 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ABCA7-202ENST00000433129 6704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SETD1A-201ENST00000262519 6451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.52□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.52□□□□□ -0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 105.3 ms