Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 AL139339.1-201ENST00000411906 657 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 FKBP2-203ENST00000449942 613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 MCPH1-AS1-203ENST00000525186 869 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 TMEM218-205ENST00000527271 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ANP32A-210ENST00000560303 724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 REC114-202ENST00000560581 833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 AC133919.1-201ENST00000562203 416 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 STUB1-204ENST00000564370 875 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 SAXO2-207ENST00000566861 404 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 AL031282.1-201ENST00000577672 409 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 IMPA2-207ENST00000588927 787 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 AC138894.2-201ENST00000602838 371 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 DNASE1L2-204ENST00000567494 1301 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RAN-210ENST00000541630 1475 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 TMBIM7P-202ENST00000641474 1516 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CAPZB-201ENST00000264202 858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 DYDC1-201ENST00000372202 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RN7SL181P-201ENST00000462921 277 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 AC105389.3-201ENST00000508038 907 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 POU5F1P2-201ENST00000521750 823 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 SIRT3-210ENST00000529382 1225 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NPM1P43-201ENST00000558669 786 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 CST9L-201ENST00000376979 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.8 ms