Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 IFNWP2-201ENST00000431203 580 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC132803.1-201ENST00000504204 493 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 TRAPPC2L-212ENST00000567312 499 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 HNRNPA1P16-201ENST00000575692 955 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CD3EAP-202ENST00000589804 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 MLF1-217ENST00000619577 2290 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AQP7-202ENST00000377425 1068 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 PYM1-203ENST00000408946 1226 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC108474.1-201ENST00000507776 421 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RPL18-205ENST00000549273 1036 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC005993.1-201ENST00000555581 397 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 DLK1-205ENST00000556051 469 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SCGB1B2P-201ENST00000595013 612 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 MIR6125-201ENST00000618986 96 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC005274.1-201ENST00000623460 802 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CAB39L-204ENST00000409130 1411 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ARMC8-213ENST00000470821 1656 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 TEKT4P2-202ENST00000559466 1312 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CHI3L1-201ENST00000255409 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SEC13-202ENST00000350697 1425 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RANGRF-202ENST00000407006 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CIDEC-205ENST00000443115 443 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 TMEM14B-208ENST00000467317 1224 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CASP3-205ENST00000517513 964 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AP003040.1-201ENST00000532044 1024 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 TNNI1-205ENST00000555948 580 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RNF103-CHMP3-202ENST00000604011 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 LEMD1-205ENST00000367154 786 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AL080243.1-201ENST00000423293 1060 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC002127.2-201ENST00000444032 792 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ANKRD2-204ENST00000455090 1072 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 FKBP4P8-201ENST00000610931 1369 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 TMEM95-201ENST00000330767 1169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AL121987.1-201ENST00000435580 645 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC104964.1-201ENST00000520494 489 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ORAOV1-205ENST00000535657 709 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 TNFSF13B-206ENST00000542136 495 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CES1P2-201ENST00000566467 1242 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC004466.2-201ENST00000614749 516 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ODCP-201ENST00000459650 1639 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SLC25A31-201ENST00000281154 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 PDXDC2P-206ENST00000534700 1315 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ODF3L1-201ENST00000332145 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 HNRNPA1P25-201ENST00000422644 937 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 PAX5-210ENST00000520281 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 IKBKB-223ENST00000522147 954 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 LOXL1-AS1-207ENST00000565689 735 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 STAT5A-208ENST00000587646 1022 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
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