Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMCH1Q9UPQ0 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.89
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
LIMCH1Q9UPQ0 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMCH1Q9UPQ0 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMCH1Q9UPQ0 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMCH1Q9UPQ0 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMCH1Q9UPQ0 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms