Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS28Q9UK41 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms