Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM4Q9C037 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM4Q9C037 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM4Q9C037 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms