Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC28BQ9BUN5 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms