Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC112Q8NEF3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms