Protein–RNA interactions for Protein: P55317

FOXA1, Hepatocyte nuclear factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA1P55317 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
FOXA1P55317 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
FOXA1P55317 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
FOXA1P55317 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
FOXA1P55317 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms