Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD9P28356 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms