Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A1P12109 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms