Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC4P09017 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
HOXC4P09017 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC4P09017 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms