Protein–RNA interactions for Protein: C9J1S8

TRIM49D1, Tripartite motif-containing protein 49D, humanhuman

Predictions only

Length 452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM49D1C9J1S8 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM49D1C9J1S8 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM49D1C9J1S8 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms