Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 CNTNAP2-225ENST00000639247 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 MEIKIN-205ENST00000616644 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC87Q9NVE4 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MAD2L2-206ENST00000376672 1002 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC105254.1-201ENST00000507782 621 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ALG1L6P-201ENST00000515248 758 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PAGE3-202ENST00000519203 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TSHR-205ENST00000554263 1184 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TSHR-206ENST00000554435 1089 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC124068.2-202ENST00000562356 612 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC124068.2-201ENST00000569473 1109 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MIR3180-2-201ENST00000581748 88 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CEP128-201ENST00000216517 1606 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 FP565260.6-203ENST00000620015 1435 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PCNA-202ENST00000379160 1359 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LINC00470-210ENST00000584090 1334 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 FERD3L-201ENST00000275461 640 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 HFE-201ENST00000309234 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC004973.1-201ENST00000413240 635 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PSMA1-202ENST00000418988 1266 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AZGP1P1-202ENST00000425474 1181 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AL139241.1-201ENST00000433374 1168 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TCL1A-205ENST00000555202 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MT3-203ENST00000565838 421 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 NUDT4P2-201ENST00000578341 546 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TMEM205-210ENST00000588560 840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ZNF790-AS1-203ENST00000588906 850 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PSMD5-208ENST00000625444 219 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 Z84468.1-201ENST00000626321 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TRBJ2-6-201ENST00000390418 53 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 HLA-DMA-203ENST00000395305 777 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 Z97652.1-201ENST00000415176 329 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AL139125.1-201ENST00000420395 557 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 HVCN1-203ENST00000439744 1215 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms