Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 METTL6-201ENST00000383789 1413 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ABCA7-203ENST00000435683 6211 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 GSDMA-203ENST00000635792 1546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MAX-201ENST00000246163 897 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SPAG11A-203ENST00000351436 534 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SPAG11B-204ENST00000361111 534 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL645608.5-201ENST00000398216 443 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL136361.1-201ENST00000435429 506 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC00642-202ENST00000442515 670 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 EID1-202ENST00000560490 584 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MIR3907-201ENST00000579424 151 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL645939.5-201ENST00000606834 243 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SLC43A2-201ENST00000301335 8136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 UBE2V2-205ENST00000521346 1322 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 BCL2L13-206ENST00000399782 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 B9D1-202ENST00000268841 755 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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USP39Q53GS9 AC079807.2-203ENST00000417692 656 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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USP39Q53GS9 PGAP2-224ENST00000490830 810 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PGRMC2-206ENST00000512483 1144 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MRPL48-210ENST00000542303 661 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PSORS1C1-206ENST00000547221 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC026740.1-201ENST00000607068 791 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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