Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 STEAP2-201ENST00000287908 6873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.58□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FAM149B1-201ENST00000242505 5408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PRDM16-203ENST00000378391 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ABR-205ENST00000544583 5595 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SLIT3-206ENST00000519560 9706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CFLAR-203ENST00000341222 1283 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC005077.2-201ENST00000449786 690 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CYGB-203ENST00000589145 788 ntTSL 3 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LINC00479-204ENST00000589300 718 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AUTS2-218ENST00000615871 4511 ntTSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC11.58□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PDP1-201ENST00000297598 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GPRASP1-205ENST00000537097 5980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PLIN4-202ENST00000633942 6484 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC004471.1-201ENST00000456035 582 ntTSL 4 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC11.57□□□□□ -0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.2 ms