Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 DDN-201ENST00000421952 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 RARG-203ENST00000425354 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CLASRP-204ENST00000544944 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 NFE2L2-202ENST00000397063 2651 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SMYD5-202ENST00000389501 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CHRD-206ENST00000450923 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SLC35C1-201ENST00000314134 4171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC011498.7-201ENST00000624986 2027 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 Z82198.1-201ENST00000447396 437 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 GCOM2-201ENST00000509133 1104 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 BCAT2-203ENST00000545387 1272 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SC5D-201ENST00000264027 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 IKBKB-217ENST00000520810 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SEMA4D-204ENST00000420101 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 TRIM46-210ENST00000545012 2979 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 KRT75-201ENST00000252245 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 GGACT-201ENST00000376250 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ERC1-219ENST00000546231 4390 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ZFP64-201ENST00000216923 3264 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ELOA2-202ENST00000620522 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SNX20-202ENST00000330943 2904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ECE1-201ENST00000264205 2381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SOGA3-201ENST00000465909 3756 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ADAM15-206ENST00000368412 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 LRRFIP1-203ENST00000308482 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ANXA9-201ENST00000368947 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 NEAT1-201ENST00000499732 1811 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 RRAGB-202ENST00000374941 2061 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 UBTF-205ENST00000526094 2459 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 TIE1-201ENST00000372476 3882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 AC008125.1-201ENST00000548488 1538 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIMA1Q9UHB6 NICN1-201ENST00000273598 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69 ms