Protein–RNA interactions for Protein: P54753

EPHB3, Ephrin type-B receptor 3, humanhuman

Predictions only

Length 998 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EPHB3P54753 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 THOC6-201ENST00000253952 1246 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 MAP2K3-201ENST00000316920 1246 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AL645608.5-201ENST00000398216 443 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 RHOXF1-201ENST00000217999 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AL357558.1-201ENST00000416646 456 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CMC1-204ENST00000423894 549 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AC134698.3-201ENST00000523880 214 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AC127024.2-201ENST00000581019 789 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 RN7SL574P-201ENST00000581512 297 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ITGAV-201ENST00000261023 7030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 HS6ST3-201ENST00000376705 7804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
EPHB3P54753 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms