Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CICP12-201ENST00000455801 843 ntBASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CRYBG2-210ENST00000527815 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 ABHD16A-202ENST00000440843 1906 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 CFLAR-203ENST00000341222 1283 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 TAF8-202ENST00000372978 794 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
LHX3Q9UBR4 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms