Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 VWF-201ENST00000261405 8838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TUBBP5-203ENST00000508529 1334 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 CAMKMT-203ENST00000403853 1114 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 MIR4722-201ENST00000578292 60 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 MIR4706-201ENST00000582134 82 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 EFCAB2-202ENST00000366522 6167 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 MEF2D-201ENST00000348159 5965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 CLASP2-204ENST00000399362 7282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 BORCS5-201ENST00000298571 549 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 CRCP-204ENST00000398684 492 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 OARD1-204ENST00000464633 717 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SUPT4H1P2-201ENST00000501248 353 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 NME2-204ENST00000503064 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 IL17RA-204ENST00000612619 8506 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 AL669831.1-201ENST00000506640 6432 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP39Q53GS9 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms