Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 DNM1P51-202ENST00000558801 8752 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 OPA1-202ENST00000361510 6492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KLHDC7A-201ENST00000400664 5145 ntAPPRIS P1 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 JARID2-202ENST00000397311 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KIAA1217-203ENST00000376452 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FAM83A-201ENST00000276699 1858 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 EPAS1-201ENST00000263734 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CGN-201ENST00000271636 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TRAF1-201ENST00000373887 6324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ASPG-206ENST00000551177 4851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 IL17RD-201ENST00000296318 8720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CEP164-201ENST00000278935 5630 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KDELC2-201ENST00000323468 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
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