Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PCMTD2-204ENST00000369758 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KIFC3-204ENST00000465878 3225 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 FRMD8-201ENST00000317568 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KIF21B-201ENST00000332129 9897 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KDM5B-202ENST00000367264 6449 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 LINC01782-201ENST00000591212 2908 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 LINC00863-201ENST00000439559 3287 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS3-203ENST00000398405 2754 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF37-201ENST00000333677 4968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MAN2B1-203ENST00000456935 3184 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 FAM120C-201ENST00000328235 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KCNN2-206ENST00000512097 3076 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 HCFC2-201ENST00000229330 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 DNAJC3-AS1-201ENST00000499499 2908 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 GDAP1L1-207ENST00000612599 2585 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 FAM98B-202ENST00000397609 4388 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ZNF674-AS1-201ENST00000421685 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CATSPERE-201ENST00000366531 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ACSL1-201ENST00000281455 3832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 STK26-202ENST00000394334 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MARK1-201ENST00000366917 2946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 TET2-207ENST00000513237 10166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 TET2-209ENST00000540549 10166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 FZD6-206ENST00000523739 2774 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PXDN-201ENST00000252804 6808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 TSPEAR-AS2-202ENST00000354333 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PYGM-202ENST00000377432 2611 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AL031595.1-201ENST00000623969 4709 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RAPH1-213ENST00000630330 4134 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RCAN2-203ENST00000371374 3327 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 NLRP2B-201ENST00000434992 3194 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ACP7-201ENST00000331256 2966 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MGLL-201ENST00000265052 4642 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SNPH-201ENST00000381867 5533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SPG11-210ENST00000558319 6426 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AP1B1-208ENST00000432560 4146 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms