Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PSTPIP1-207ENST00000559295 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 MAP2K4-201ENST00000353533 3826 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 Z69890.1-201ENST00000382990 339 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ACTBP7-201ENST00000418351 1124 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC156455.1-203ENST00000423999 893 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC244197.1-201ENST00000456494 951 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC024293.1-201ENST00000467930 498 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 RPS23-204ENST00000507980 836 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 LINC02062-201ENST00000513175 478 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 C8orf31-207ENST00000524181 1199 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HIST2H2BF-204ENST00000545683 999 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC012645.2-201ENST00000566190 553 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AP001527.2-201ENST00000614441 631 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 TNFSF11-201ENST00000239849 911 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PRIMA1-201ENST00000316227 1080 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 DPY19L2P5-201ENST00000456300 331 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC012158.2-201ENST00000536546 354 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 TSHR-205ENST00000554263 1184 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 TSHR-206ENST00000554435 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC040162.4-201ENST00000574912 1185 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC020934.2-201ENST00000592400 456 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CTSL-201ENST00000340342 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 DYRK1A-203ENST00000398956 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HLA-DQB1-202ENST00000399079 1501 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HCG9-201ENST00000376800 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AL592076.1-201ENST00000424448 303 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CCDC18-AS1-219ENST00000451302 1212 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC012213.1-201ENST00000517376 722 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SPINT2-204ENST00000587090 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 DBP-202ENST00000593500 712 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AL513327.1-206ENST00000587696 1432 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 LINC00665-206ENST00000590622 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SCAF11-203ENST00000395453 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms