Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LHX1P48742 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
LHX1P48742 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
LHX1P48742 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
LHX1P48742 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
LHX1P48742 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
LHX1P48742 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
LHX1P48742 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
LHX1P48742 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
LHX1P48742 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 KRTAP10-13P-201ENST00000412914 571 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
LHX1P48742 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LHX1P48742 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms