Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 MYO15B-237ENST00000642007 4893 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 MAOB-201ENST00000378069 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 C16orf52-202ENST00000542527 4360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
CCDC140Q96MF4 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms