Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 TERT-201ENST00000310581 4018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 OBSCN-AS1-201ENST00000295012 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ALKBH2-201ENST00000343075 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 NDUFS6P1-201ENST00000485187 316 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC107464.3-201ENST00000609172 737 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 MIR6858-201ENST00000620733 67 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 CRYBB3-202ENST00000404334 601 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 SUMF2-210ENST00000437307 947 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 LYPLA2P1-203ENST00000447689 696 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC084752.1-201ENST00000509766 622 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 STUB1-204ENST00000564370 875 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 RN7SL470P-201ENST00000583069 259 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AP001029.1-201ENST00000589843 168 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC010335.1-201ENST00000594590 599 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC104333.4-201ENST00000632866 554 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC13.58□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC245100.1-201ENST00000452996 1331 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC13.58□□□□□ -0.23
SPTA1P02549 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 WASHC2C-201ENST00000336378 4669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 AC092638.2-201ENST00000441105 947 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 SH3BGR-209ENST00000458295 812 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 AC122719.1-201ENST00000507989 559 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 P2RX3-201ENST00000263314 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 EML1-203ENST00000334192 4064 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SPTA1P02549 ZBTB7C-213ENST00000588982 4949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms