Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 AP002856.2-201ENST00000416553 584 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 IGHEP1-201ENST00000521393 651 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CCDC113-206ENST00000616795 891 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 IDH3A-224ENST00000629769 114 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KYAT1-201ENST00000302586 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FAM227B-212ENST00000561064 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PPP1R2P4-201ENST00000424051 595 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC023141.7-201ENST00000430646 407 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PRR7-AS1-204ENST00000514846 543 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC138761.4-201ENST00000578881 1514 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TNNT3-201ENST00000278317 1210 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TNNT3-207ENST00000381589 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LINC01022-201ENST00000415652 394 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NSD2-209ENST00000436793 835 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LINC00892-203ENST00000454385 686 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FRMD4A-204ENST00000475141 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC090136.2-201ENST00000517809 420 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC087620.1-201ENST00000520037 447 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 C11orf1-202ENST00000528125 534 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC013553.1-201ENST00000560906 267 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PDE8B-205ENST00000346042 3276 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PRELID3B-202ENST00000371033 943 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AL356417.1-201ENST00000421161 845 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC018638.5-201ENST00000450885 754 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC004889.1-205ENST00000493248 531 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 OR2A1-AS1-210ENST00000496968 531 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CISD2-202ENST00000503643 808 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PMEL-214ENST00000550447 901 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AF111169.3-201ENST00000553991 756 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 IGHV3OR15-7-201ENST00000558565 359 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC019294.2-203ENST00000569596 594 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PROX1-AS1-235ENST00000628896 711 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC011287.1-201ENST00000639998 1349 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 JAZF1-AS1-201ENST00000436758 548 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL035414.1-201ENST00000451327 857 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 CHCHD2P2-201ENST00000503744 321 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 BCL2L12P1-201ENST00000508390 733 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC092612.1-201ENST00000514501 998 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC011383.1-201ENST00000517474 617 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL590235.1-201ENST00000564650 861 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC010632.2-201ENST00000588369 1224 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 BLACE-202ENST00000616210 540 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 UBOX5-AS1-201ENST00000446537 1792 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MBD1-225ENST00000591535 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 NIFK-AS1-203ENST00000419902 1316 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 C7orf57-201ENST00000348904 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MKRN2-202ENST00000411987 1436 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 HHLA3-202ENST00000361764 692 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MIR1301-201ENST00000408518 82 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TXNL4B-203ENST00000426362 965 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
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