Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 BLCAP-205ENST00000397137 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 S100A2-203ENST00000368709 457 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 FMR1NB-201ENST00000370467 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC097065.1-201ENST00000425737 517 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 LINC00313-205ENST00000427188 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 LINC02380-201ENST00000510956 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 REC114-202ENST00000560581 833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NAT9-211ENST00000580632 799 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MAGEA1-201ENST00000356661 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 FRMPD2B-201ENST00000431305 1347 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 EPHX1-202ENST00000366837 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ZDHHC4-201ENST00000335965 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 APOA1-202ENST00000359492 932 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CITED1-202ENST00000373619 886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CHCHD2-201ENST00000395422 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TRO-205ENST00000399736 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SERF2-206ENST00000409291 807 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TSPY25P-201ENST00000429463 745 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC005234.1-201ENST00000457851 434 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 RN7SL258P-201ENST00000478664 300 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TMEM220-AS1-207ENST00000584714 541 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ALKBH2-208ENST00000619381 895 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 BRMS1-202ENST00000425825 1363 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ZNF333-209ENST00000601134 1392 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 LINC00665-206ENST00000590622 1749 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 BTBD8-201ENST00000342818 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SGCE-204ENST00000428696 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 GTF3C2-214ENST00000622534 1858 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MYMK-201ENST00000339996 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TMEM219-202ENST00000414689 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 RN7SL67P-201ENST00000492147 296 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MEF2C-AS2-201ENST00000510274 463 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TMEM219-204ENST00000566848 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SHBG-207ENST00000570547 801 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC012044.1-201ENST00000603431 297 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC092171.5-201ENST00000608012 942 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ZIM2-AS1-201ENST00000595954 2129 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 UPK3BL1-201ENST00000340457 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MPZL3-203ENST00000525386 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC145207.3-201ENST00000576784 529 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SLC12A5-216ENST00000626701 617 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CASP16P-204ENST00000635032 809 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
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